“生物信息学”课程教学大纲

英文名称：Introduction to Medical Bioinformatics

课程编码：BASM310940

学    时：32（理论学时：16；实验学时：16）          

学    分：1.5

适用对象：侯宗濂医学实验班、临床医学5+3一体化、五年制临床医学专业、五年制口腔医学专业、五年制法医学专业、五年制预防医学专业。

先修课程：分子生物学、计算机网络基础

使用教材及参考书：

1.楚雍烈.医用生物信息学概论.西安：陕西科学技术出版社，2005.

2.David W. Mount. Bioinformatics: sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory.2004

一、课程性质和目的

性质：基础理论

目的：使学生了解生物信息学的基本理论知识和技术。掌握生物信息学网络资源、数据库和常用分析工具的使用。

二、课程内容简介

生物信息学是一门新兴的交叉学科，是推动生物医学发展的重要基础，是面向宗濂实验班学生的选修课。本课程分理论教学和上机实习两部分。理论教学从生物医学研究的应用角度出发，介绍生物信息学的产生基础、基本概念、研究内容，主要生物信息学网络资源、生物信息学关键技术、生物大分子的分析方法和医学研究中相关的生物信息学数据库和分析工具。上机实习使学生实际操作应用生物信息学网络资源、数据库和常用分析工具。

三、教学基本要求

1．要求学生掌握生物信息学的基本理论知识和基本概念，熟悉生物信息学的相关技术方法，特别是分子生物学中常用的关键技术及常用软件。

2．要求学生熟悉生物信息学的常用网络资源，掌握生物信息学常用数据库和分析工具的使用。

四、教学内容及安排

第一章  绪论

掌握 生物信息学和医学信息学的概念和研究内容

熟悉 生物信息学和医学信息学的重要性

了解 信息学基础、生物信息学和医学信息学的产生和发展

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
1	2

 

第二章  生物大分子序列及结构信息相关实验技术

熟悉 DNA，genome，mRNA，EST， cDNA，蛋白质序列测定技术

了解 蛋白质和核酸结构分析技术

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
2	2

 

第三章  生物信息学和医学信息学的计算机、网络基础

熟悉 生物信息学和医学信息学中的计算机基础知识

了解 生物信息学和医学信息学中的互联网基础知识、互联网浏览和文件传输

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
3	2		2

 

第四章  生物信息学和医学信息学资源检索工具

熟悉 生物信息学和医学信息学的网络资源来源及分类、文献数据库检索

了解 生物信息学和医学信息学资源的通用检索工具、专业搜索引擎

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
4	2		2

 

第五章  序列联配（sequence alignment）

熟悉 序列联配的概念、种类和目的

了解 序列联配的算法

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
5	2

 

第六章  生物信息学中心和数据库

熟悉 重要的生物信息学中心、主要数据库、分析工具

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
6	2		4

 

第七章  核酸的生物信息学分析

熟悉 序列同源性、系统发生树分析、酶切位点及PCR引物设计

了解 RNA二级结构、基因预测和表达调控分析

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
7	2		4

 

第八章  蛋白质结构与功能分析

熟悉 蛋白质的序列分析、二级结构与理化特性分析

了解 蛋白质的高级结构、功能预测、功能域的判定

教学安排及教学方式

	教学环节学时分配				课后环节（请打“√”）
章节数	授课	实验	上机	讨论	作业	自学	综合大作业	其他
8	2		4

 

五、考核方式

开卷；开卷考试成绩占90%，平时成绩占10%。